Solicitado pelo Instituto de Instituto Brasileiro de Recursos Renováveis (Ibama) durante o licenciamento da Usina, a análise do desmatamento indireto corresponde a área além da que seria alagada ou usada para as construções da hidrelétrica.

Tal desmatamento seria causado principalmente pela imigração, que poderia atingir até 96 mil pessoas, e pelo estímulo ao aumento de atividades econômicas locais. O instituto de pesquisa Imazon estimou a taxa provável de desmatamento até 2031.

Combinando a tendência de desmatamento mais baixa entre 2006 e 2009 com o aumento provável da população, foi previsto um desmatamento em torno de 800 quilômetros quadrados em 20 anos. Já levando em conta a taxa mais alta entre 2000 e 2005, a projeção destaca que seriam desmatados de 4 mil 408 a 5 mil 316 quilômetros quadrados adicionais.

Para reduzir o risco de desmatamento, foram consideradas a implantação de Áreas Protegidas. No entanto, a análise destaca que o potencial de redução dos impactos só seria efetivo se não ocorresse deslocamento do desmatamento evitado nessas áreas para os imóveis privados.

Por isso, o estudo aponta para a necessidade de fiscalização e licenciamento ambiental de imóveis rurais. Até fevereiro de 2011, cerca de três quartos das propriedades da região próxima a Belo Monte estavam fora do Cadastro Ambiental Rural (CAR), o que dificulta a punição de desmatadores.